Монастырский комплекс  основал в VI в. Святой отец Зенон Икалтийский, один из сирийских монахов, прибывших в Грузию из Антиохии. Арсен Икалтоели в начале XII века, учредил здесь просветительский центр – Академию. Монастырский комплекс в настоящее время включает три церкви: Самеба - 6-й в.; однонефной базилики - 9 в., средневековой академии и главного храма, посвященного "Преображению Господню" - возведенного в 8-9-м вв.